Pepe Navarro debuta en televisión en el verano de 1983 con el programa La Tarde, en La 1 de TVE. Por petición expresa de la dirección de informativos, abandona La Tarde y desde principios de enero de 1984 presenta el Telediario 1 de TVE. En solo tres meses se disparan las audiencias, convirtiéndose en uno de los telediarios más vistos de la historia de la televisión.[cita requerida] En abril de 1984, regresa a La Tarde, donde hasta octubre que lo abandona, consigue las cotas más altas de audiencia y popularidad.

En diciembre del mismo año, firma con SIN, UNIVISION, la cadena de habla hispana de EE.UU. y, en enero de 1985, empieza a emitirse para todo el territorio norteamericano, La noche con Pepe Navarro, que presenta hasta enero de 1986. En esta etapa copresenta junto a Mario Moreno «Cantinflas» y Ricardo Montalbán, el Telemaratón de 24 horas de duración Por México emitido en directo desde Los Ángeles para todos los países de habla hispana. Tuvo la misma cobertura el Telemaratón Por ti, Colombia, de 12 horas, que como presentador principal protagonizó desde Nueva York. También presentó la edición del Festival de la OTI de ese mismo año.

Durante los años 1987 y 1988 fija su residencia en Nueva York y Los Ángeles, donde desempeñó trabajos de dirección, producción y creatividad con distintas productoras americanas de publicidad, cine y televisión.

En 1989 Pepe Navarro regresa a España para presentar el Show semanal Por fin es viernes, en el Canal Sur de Andalucía.

En el otoño de 1989 vuelve a TVE y dirigirá y presentará el matinal El día por delante, un programa de 4 horas diarias, de 10.00 a 14.00 horas, que significó el bautizo televisivo de Javier Bardem, Santi Millán, Santiago Urrialde, Nuria González y José Corbacho.2​ Fue premiado con el TP de Oro como el mejor programa de entretenimiento y a Pepe Navarro como presentador. El programa termina en marzo de 1990. Entre 1991 y 1992, presenta el programa semanal Juguemos al trivial.

En la temporada de 1992-93, comienza su etapa en Antena 3 TV, periodo en el que dirige, produce y presenta el programa Vivir, vivir… qué bonito. Recupera a Nuria González y debutan en televisión Carlos Iglesias, Maribel Ripoll, Ferrán Botifoll, Dani Delacámara y Aitor Mazo. A las pocas semanas se convierte en líder incontestable e imbatible de las mañanas frente a TVE, Telecinco y las Televisiones autonómicas y, seguirá siéndolo durante las siguientes dos temporadas. Por razones administrativas, en la temporada de 1993-1994, se cambia el nombre del programa a Todo va bien.

En la temporada 1994-95 además del Matinal diario, produce, dirige y presenta Estamos todos locos,3​ un late night semanal que se sitúa en una media por encima del 32%, líder también en su franja. En este programa además de Aitor Mazo, Carlos Iglesias, Maribel Ripoll y Dani Delacámara se incorporan Santiago Urrialde para dar vida a Rambo y El Reportero total, y Santiago Segura como guionista. Los dos programas solo llegan hasta diciembre de 1994. Estamos todos locos por sus referencias a Jordi Pujol,[cita requerida] especialmente en esa época y Todo va bien …+ raíz cuadrada de pí, por complejas razones que el propio Pepe Navarro explica en su libro La Leyenda del Mississippi.

En esos cuatro meses finales de 1994, nació Pepelu, personaje interpretado por Carlos Iglesias y que desde ese momento se convirtió en un icono televisivo.

Sin embargo, a Pepe Navarro, Antena 3 TV le encarga la presentación de la segunda edición de El gran juego de la oca, líder del horario de máxima audiencia del sábado entre enero y junio de 1995.

A principios de julio de 1995 se incorpora a Telecinco para hacer las mañanas. Pero tras una serie de conversaciones con Mikel Lejarza, Director de programas, el 18 de septiembre de 1995 se pone en marcha Esta noche cruzamos el Mississippi, el programa que revolucionó la televisión en España y que abrió una banda horaria inexistente, la franja de medianoche.

El éxito de Esta noche cruzamos el Mississippi fue arrollador. En la concesión del Premio Ondas que ganó en 1996, el Presidente del jurado, Carlos Abad, lo anunció así: «Esta noche cruzamos el Mississippi plantea un nuevo concepto de entretenimiento, prolonga el horario de máxima audiencia hacia la noche, establece un formato nuevo en nuestro país y se ha convertido en un importante fenómeno social».​

En las únicas dos temporadas (1995-1997) que duró Esta noche cruzamos el Mississippi, alcanzó cotas de audiencia que hasta entonces nadie había logrado en la franja de medianoche.

En julio de 1997 ficha por Antena 3 TV y, siguiendo la estela de Esta noche cruzamos el Mississippi, produce, dirige y presenta, desde septiembre, La sonrisa del pelícano, que es retirado el 1 de diciembre de ese mismo año.

En 1999 Telefónica vuelve a contratar a Pepe Navarro para que en Via Digital experimente, desde mayo de 1999 a julio del 2000, sobre la interactividad. Con el nombre de La Vía Navarro, La VN fue el primer programa interactivo del mundo.

En el 2002 presenta la tercera edición de Gran Hermano en Telecinco.

En el 2005-2006 produce, dirige y presenta en la TVE 1 Ruffus y Navarro Unplugged.​